デスクトップ版では、ソフトウェアセンターを呼び出して簡単に設定変更できますが、
Open Ubuntu Software Center, and go to Edit → Software Sources. Choose “Never” for “Automatically check for updates”.
サーバ版ではターミナルでの作業となります。数字は日数を表します。
$ sudo -e /etc/apt/apt.conf.d/XXperiodic
// Enable the update/upgrade script (0=disable)
APT::Periodic::Enable "0";
http://ask.xmodulo.com/disable-automatic-updates-ubuntu.html